Le avventure di Star Trek Klingon Empire si svolgono a cavallo tra il quadrante Alpha ed il quadrante Beta. Centro focale del GdR è la StarBase Khitomer è la base stellare Klingon, al comando del Sa' Rip'ken, posta presso il confine federale e destinata ad essere un crocevia per le missioni delle navi stellari: IKV Iw'LoDnI'pu, vascello Imperiale di classe Vor'cha, comandato dall'HoD Khartim; USS Discovery, vascello federale di classe Nebula, e l'IRW Khazara un falco Romulano di classe D'deridex.
Dopo che le autorità politiche hanno siglato un nuovo accordo che ha riportato in vigore gli Accordi di Khitomer, riusciranno gli equipaggi klingon e federali a cooperare pacificamente?